Die an der Autonomen Universität Aguascalientes durchgeführten Forschungsprojekte sind in achtzehn Programme integriert.

Pro Semester werden durchschnittlich rund 150 Projekte bearbeitet. Gemäß der Forschungsordnung gibt es ein festgelegtes Verfahren für die Einreichung, Genehmigung und Betreuung jedes Projekts. Die Rückmeldung und Bewertung der einzelnen Projekte erfolgt durch Fachausschüsse, an denen hochqualifizierte externe Gutachter beteiligt sind.

Die AAU verfügt über ein internes Budgetsystem, das die notwendigen Mittel für die Initiierung eines Projekts bereitstellt. Für Großprojekte müssen Forscher externe finanzielle Unterstützung suchen. Zu den Organisationen, die verschiedene Forschungsprojekte der AAU finanziell unterstützt haben, gehören unter anderem das Lehrerfortbildungsprogramm (PROMEP) der SEP, der Wissenschafts- und Technologierat (CONACYT) über seine verschiedenen Fonds und Ausschreibungen, der Wissenschafts- und Technologierat des Staates Aguascalientes (CONCYTEA), die Landesregierung über verschiedene Agenturen, die Produce Foundation, die Gemeinden des Staates, verschiedene Wirtschaftsorganisationen und internationale Stiftungen.

Durch die Forschung an der UAA sind wir in der Lage, modernere Lehrmethoden anzubieten, die Infrastruktur zur Unterstützung der Lehre auf Bachelor- und Masterniveau zu stärken und externe Dienstleistungen wie Beratungsdienste, Consulting-Dienstleistungen, Schulungs- und Auffrischungskurse, diagnostische Beurteilungen und die Entwicklung von Projekten zur Lösung spezifischer Probleme anzubieten.

Darüber hinaus haben Forschungsprofessoren der UAA dank ihrer Ergebnisse Auszeichnungen von verschiedenen Institutionen erhalten, wie beispielsweise dem Zentrum für Forschung und fortgeschrittene Studien (CINVESTAV), der Nationalen Vereinigung der Universitäten und Hochschulen (ANUIES), dem Ministerium für Umwelt und natürliche Ressourcen (SEMARNAT) und dem Nationalen Institut für Anthropologie und Geschichte (INAH).